Во втором сезоне, включающем 12 эпизодов, Екатерина уже находится у власти. Начальная точка действия — 1768 год. Государыня думает о браке с Григорием Орловым, но её намерения затрагивают интересы Панина и Павла. Противодействие Синода и последствия ранения Орлова осложняют планы. При дворе возникает соперничество, а отношения Екатерины с Потемкиным постепенно приобретают всё большее значение.

Семейные события развиваются на фоне подготовки к войне с Турцией. Визит в Холмогоры, эпидемия оспы и положение потенциальных наследников требуют решений, выходящих за пределы личных чувств. Павел задаёт вопросы о судьбе отца, сближается с Софьей и позднее выбирает невесту Вильгельмину. Екатерина стремится определить его будущее, но сталкивается с желаниями сына и обманом новой невестки. Военные, придворные и семейные линии сходятся в вопросе о том, кому и на каких условиях можно доверять.